Quel logiciel comptable pour un e-commerçant ?
La réponse courte Avec une seule boutique et peu de volume en micro-entreprise, un outil gratuit de facturation avec livre des recettes suffit. Dès que vous vendez sur plusieurs canaux, que vous avez du stock ou que vous livrez dans l'UE, il faut un outil qui rapproche les ventes, les commissions et les versements, et gère la TVA par pays. Au réel ou en société, un expert-comptable en ligne sécurise l'inventaire, la TVA et le bilan.
Un vendeur en ligne n'encaisse presque jamais le prix payé par le client : Stripe, PayPal ou la marketplace versent un montant net, après commissions, remboursements et parfois frais de stockage. Trois difficultés reviennent : retrouver ce chiffre d'affaires brut dans les versements, valoriser le stock, appliquer la bonne TVA selon le pays de livraison. C'est sur ces points que nous avons comparé les solutions.
Les fiches détaillées
L-Expert-Comptable.com
Cabinet en lignedès 109 € HT/mois, sans engagement
Idéal pour : EI au réel ou société qui veut déléguer TVA, bilan et liasse
Points forts
- Comptable dédié, réponse sous 24 h
- Conseils fiscaux et juridiques personnalisés
- Sans engagement, création d'entreprise offerte
Limites
- Micro-entreprise non éligible
- Outil de gestion partenaire facturé à part après 6 mois offerts
Swapn
Comptabilité en ligne + applidès 29 € HT/mois, sans engagement
Idéal pour : Société (SASU, EURL) dont l'activité en ligne reste simple, sans stock important
Points forts
- Bilan et liasse certifiés par un expert-comptable
- Comptables joignables sous 24 h (tél., visio, chat, e-mail)
- Sans engagement, facturation électronique conforme
Limites
- Micro-entreprise non prise en charge
- Outil de gestion partenaire facturé à part après 6 mois offerts
- EI au réel : régime BNC uniquement
Tiime
Logiciel de gestionGratuit (Free) ; options dès 9,99 € HT/mois
Idéal pour : Micro-entrepreneur ou EI qui démarre et veut un outil gratuit
Points forts
- Offre gratuite : facturation électronique (plateforme agréée), devis et factures illimités
- Banque synchronisée et justificatifs automatiques (offres payantes)
- Support humain par téléphone, mail et chat
Limites
- Bilan, liasse et déclarations à confier à un expert-comptable
- Compte pro obligatoire sur les offres payantes
- Pas d'import des ventes de marketplaces
Acomim
Logiciel de facturationGratuit (50 transactions/mois) ; Premium 9 €/mois
Idéal pour : Vendeur Stripe, Amazon ou Cdiscount synchronisant ventes et facturation
Points forts
- Synchronise Stripe vers Abby.fr, export Excel
- Pages Amazon et Cdiscount, gestion TVA de base
- Offre gratuite jusqu'à 50 transactions/mois
Limites
- Connecteurs Shopify et Amazon annoncés « bientôt »
- Pas de compta complète ni OSS détaillé
cockpitLAB
Logiciel métierLogiciel gratuit ; comptabilité Amazon FBA en option payante
Idéal pour : Vendeur Amazon voulant résultat net réel et TVA OSS
Points forts
- Compta P&L automatique avec TVA OSS
- Logiciel et communauté gratuits
- Dédié aux vendeurs Amazon
Limites
- Centré Amazon uniquement
- Prix de l'option comptabilité non relevé
0 € (1 appli, utilisateurs illimités) ; Standard 24,90 €/utilisateur/mois
Idéal pour : Vendeur qui gère un stock et veut le relier à la facturation
Points forts
- Gestion de stock et facturation dans un même outil
- Une application gratuite, utilisateurs illimités
Limites
- Offre gratuite limitée à une application
- Autres offres facturées par utilisateur
Order Invoicer
Logiciel de facturation4,0À vérifier
Idéal pour : Boutique Shopify, WooCommerce ou PrestaShop facturant sans ressaisie
Points forts
- Commandes vers factures, paiements et avoirs automatiques
- Relie Shopify, WooCommerce et PrestaShop aux principaux logiciels comptables
- Essai 14 jours sans carte
Limites
- Prix selon la combinaison boutique/logiciel
- Ne tient pas la comptabilité lui-même
Axonaut
Logiciel métierÀ vérifier
Idéal pour : TPE e-commerce voulant un outil de gestion connecté à sa boutique
Points forts
- Connecteurs Prestashop, Shopify, WooCommerce
- CRM, devis, facturation, trésorerie dans un outil
- Essai gratuit
Limites
- Tarifs non relevés
- Pas spécifique e-commerce
Les fonctionnalités d'un logiciel comptable pour e-commerçant
Un logiciel généraliste sait faire des factures et suivre un compte bancaire. Pour une boutique en ligne, la difficulté est ailleurs : transformer des centaines de petites commandes et des versements groupés en écritures justes. Voici les fonctions à vérifier, et celles qui deviennent indispensables selon votre organisation.
Rapprochement des ventes et des versements
Shopify, WooCommerce, Amazon ou Etsy versent des montants groupés, nets de commissions et de remboursements. Il faut retrouver, pour chaque versement, les commandes qui le composent, le chiffre d'affaires brut, les frais et les retours. Un outil qui importe les commandes et les paiements évite une ressaisie qui devient vite ingérable au-delà de quelques dizaines de ventes par mois.
Commissions et frais de paiement
Les commissions de marketplace, les frais d'abonnement de boutique et les frais Stripe ou PayPal sont des charges, pas une réduction du chiffre d'affaires. Si le logiciel comptabilise seulement le versement net, le chiffre d'affaires est sous-évalué, ce qui fausse la TVA et, au réel, le résultat. Cherchez une ventilation automatique entre ventes, commissions et remboursements.
Stock et inventaire
Au réel, le stock de marchandises figure au bilan et se constate en fin d'exercice, avec la variation de stock et d'éventuelles dépréciations. Un outil qui suit les entrées et les sorties fournit directement la valeur à inscrire. Sans cette fonction, il faut un inventaire physique ou un export du logiciel de gestion de stock au moment de la clôture.
TVA par pays et guichet unique
Les ventes à des particuliers d'autres pays de l'UE se taxent au taux du pays de livraison dès que vos ventes à distance dans l'UE dépassent 10 000 € HT par an, tous pays confondus (seuil apprécié sur l'année précédente et l'année en cours). Le guichet unique (OSS) permet de déclarer et de payer cette TVA en France, par une déclaration trimestrielle unique, sans s'immatriculer dans chaque pays. Le logiciel doit connaître les taux par pays et produire le détail demandé.
Retours, avoirs et remboursements
Dans certaines catégories de produits, comme la mode, les retours sont fréquents. Chaque retour doit produire un avoir et corriger la TVA collectée. L'outil doit rattacher le remboursement à la vente d'origine, sinon les écarts s'accumulent dans les comptes de tiers.
Synchronisation bancaire et justificatifs
Achats de marchandises, transport, publicité en ligne, abonnements : les dépenses d'un vendeur sont nombreuses et souvent en devises. Un outil qui récupère les opérations, propose une catégorie et rattache la facture du fournisseur fait gagner un temps précieux.
Facturation et facture électronique
Les ventes à des clients professionnels exigent une facture avec mentions obligatoires. Avec la réforme, l'outil doit être relié à une plateforme agréée pour recevoir les factures fournisseurs, puis émettre les vôtres, et transmettre les données des ventes aux particuliers et à l'international (e-reporting).
Accès de l'expert-comptable et export
En micro, il suffit de déclarer votre chiffre d'affaires et de tenir un livre des recettes. Au réel, il faut un bilan et une liasse fiscale. Le logiciel doit les produire ou permettre à un expert-comptable d'accéder aux données et d'exporter le fichier des écritures comptables (FEC).
Les fonctionnalités d'un logiciel comptable pour e-commerçant, selon la situation
| Fonctionnalité | Micro-entreprise | EI au réel | Société (EURL, SASU) |
|---|
| Facturation conforme |
Indispensable | Indispensable | Indispensable |
|---|
| Livre des recettes et registre des achats |
Indispensable | — | — |
|---|
| Import des ventes de la boutique |
Utile | Indispensable | Indispensable |
|---|
| Commissions de marketplaces |
Utile | Indispensable | Indispensable |
|---|
| Synchronisation bancaire |
Utile | Indispensable | Indispensable |
|---|
| TVA et guichet unique OSS |
Utilesi hors franchise ou ventes UE | Indispensable | Indispensable |
|---|
| Suivi du stock |
Utile | Indispensable | Indispensable |
|---|
| Bilan et liasse fiscale |
— | Indispensable | Indispensable |
|---|
| Paie |
— | — | Utilesi salariés |
|---|
Micro BIC ou réel : ce que ça change pour la boutique en ligne
La vente de marchandises relève des BIC. En micro-entreprise, l'administration applique un abattement forfaitaire de 71 % sur le chiffre d'affaires pour calculer le bénéfice imposable : vos charges réelles ne comptent pas. Le plafond de chiffre d'affaires est de 203 100 € pour la vente de marchandises en 2026. Vous tenez un livre des recettes et un registre des achats. Si votre chiffre d'affaires dépasse 10 000 € deux années de suite, un compte bancaire dédié à l'activité est obligatoire.
Pour un e-commerçant, l'abattement de 71 % cache un risque : achats de marchandises, publicité, commissions de marketplace et transport dépassent souvent 71 % du chiffre d'affaires. Dans ce cas, le réel est plus avantageux, car les charges se déduisent pour leur montant exact. Mais il impose une comptabilité complète, avec stock inventorié, bilan et liasse. C'est le moment où l'import des ventes et l'appui d'un expert-comptable changent la donne.
La TVA est un sujet distinct du régime. La franchise en base de TVA s'applique jusqu'à 85 000 € de chiffre d'affaires en vente de marchandises (avec une tolérance jusqu'à 93 500 € l'année du dépassement), et une micro-entreprise peut donc dépasser ce seuil sans quitter le régime micro. Hors de France, les ventes à des particuliers de l'UE sont taxées dans le pays du client au-delà de 10 000 € HT par an, tous pays confondus, et se déclarent via le guichet unique OSS. Choisissez dès le départ un outil qui couvre ces seuils : changer de logiciel en cours d'année coûte cher en données à migrer.
Autre point à connaître : les plateformes de vente transmettent chaque année, avant le 31 janvier, à l'administration fiscale les montants perçus par leurs vendeurs (obligation issue de la directive européenne dite DAC7), sauf pour les vendeurs qui ont réalisé moins de 30 ventes et moins de 2 000 € sur l'année. Ces montants peuvent être rapprochés de vos déclarations : votre comptabilité doit donc retrouver, pour chaque plateforme, le chiffre d'affaires brut qu'elle a déclaré.
3 vendeurs en ligne, 3 choix différents
Des profils types, avec des montants annuels estimés.
Micro-entrepriseInès, boutique Shopify
Bijoux fantaisie · une boutique · stock chez elle
- CA annuel
- 18 000 €
- Temps compta / mois
- ~2 h
- Budget outil
- 0 €
Son choix : un outil gratuit avec facturation et livre des recettes. Le chiffre d'affaires reste proche de la moyenne des micro-entrepreneurs du commerce de détail non alimentaire, environ 5 100 € par trimestre.
EI au réelJulien, site + Etsy
Décoration · achats en gros · stock valorisé
- CA annuel
- 95 000 €
- Temps compta / mois
- ~6 h sans import
- Budget
- ~109 €/mois
Son choix : un expert-comptable en ligne : TVA collectée, valorisation du stock et bilan relèvent de lui. À ce niveau, le réel devient plus avantageux que l'abattement de 71 % dès que ses charges réelles dépassent 71 % de son chiffre d'affaires. Au-delà de 85 000 €, il facture aussi la TVA.
SASUCamille, vendeuse Amazon
Vente dans 4 pays de l'UE · stock en entrepôt
- CA annuel
- 260 000 €
- Obligations
- Bilan, TVA, OSS
- Résultat
- à suivre par produit
Son choix : un cabinet en ligne pour le bilan et la TVA, avec un outil dédié aux marketplaces. Le stock envoyé dans un entrepôt d'un autre pays de l'UE (Amazon FBA par exemple) impose en principe de s'immatriculer à la TVA dans ce pays : le transfert de marchandises y est traité comme une livraison intracommunautaire, et les ventes expédiées depuis ce stock à des clients du même pays y sont taxées localement, hors guichet OSS. Le schéma est à valider avec l'expert.
Combien coûte un logiciel comptable pour un e-commerçant ?
Les prix vont de zéro à plus d'une centaine d'euros par mois, mais ils ne recouvrent pas le même service. Trois familles se distinguent, auxquelles s'ajoutent souvent des connecteurs de boutique.
- Gratuit : des outils de facturation, suffisants en micro-entreprise. Certains limitent le nombre de transactions par mois, ce qui compte pour une boutique.
- De 10 à 40 € par mois : des logiciels de gestion ou de synchronisation des ventes, à utiliser seul. Le bilan et la liasse restent à confier à un expert.
- À partir de 109 € HT par mois : le tarif d'un cabinet en ligne comme L-Expert-Comptable.com pour une activité de vente en ligne, plus élevé que pour une profession libérale en raison du stock, de la TVA et du volume d'écritures.
Pour comparer, raisonnez sur douze mois et sur le service complet. Un outil de synchronisation des ventes peut s'ajouter à un cabinet en ligne : son coût vient alors en plus. Le simulateur en haut de page calcule le coût annuel pour votre situation.
Logiciel comptable, outil de vente ou expert-comptable ?
Les trois ne font pas le même travail, et beaucoup de vendeurs en combinent deux.
+ Outil de synchronisation des ventes
- Plusieurs canaux de vente
- Commissions et remboursements nombreux
- Ventes dans plusieurs pays de l'UE
Il ne remplace pas la comptabilité : il l'alimente en commandes, paiements et avoirs.
Expert-comptable en ligne
Les 6 critères pour bien choisir
- Le régime couvert. Beaucoup d'outils gratuits s'arrêtent à la micro-entreprise ; au réel, il faut un bilan.
- L'import des ventes. Le vrai gain de temps pour un vendeur multicanal : commandes, paiements, avoirs.
- La gestion de la TVA européenne. Taux par pays, seuil de 10 000 €, guichet unique OSS.
- Le traitement du stock. Valeur à l'inventaire, variation de stock, retours.
- Le prix sur 12 mois. Regardez le prix hors promotion, le nombre de transactions incluses et les connecteurs.
- L'accompagnement. Un humain joignable au moment de la déclaration de TVA change tout.
La checklist comptable mensuelle du vendeur en ligne
- Télécharger les rapports de versement de chaque marketplace et du prestataire de paiement
- Rapprocher versements, commandes, commissions et remboursements
- Émettre les avoirs pour les retours du mois
- Contrôler le chiffre d'affaires par pays de livraison et par taux de TVA
- Mettre à jour le stock et noter les articles invendables
Questions fréquentes
Quel logiciel comptable pour une boutique Shopify ou WooCommerce ?
Choisissez un outil qui importe les commandes et les paiements, ou qui s'y connecte via un connecteur. Pour un faible volume en micro-entreprise, une facturation gratuite avec saisie des exports suffit. Au-delà, la synchronisation évite des heures de ressaisie.
Comment comptabiliser les commissions Amazon ou Etsy ?
Le chiffre d'affaires s'enregistre pour son montant brut (compte 707), et les commissions de la marketplace en charges (compte 622). Les frais Stripe ou PayPal vont en frais bancaires (compte 627). Le versement reçu est le net.
À partir de quand faut-il déclarer la TVA des ventes dans l'UE ?
Quand vos ventes à distance à des particuliers d'autres pays de l'UE dépassent 10 000 € HT par an, tous pays confondus : la TVA du pays de livraison s'applique alors, dès l'opération qui fait franchir le seuil. Le guichet unique OSS permet de la déclarer et de la payer en France chaque trimestre.
Quel est le plafond de la micro-entreprise pour la vente en ligne ?
En 2026, 203 100 € de chiffre d'affaires annuel pour la vente de marchandises, avec un abattement forfaitaire de 71 %. La franchise en base de TVA est un seuil distinct, fixé à 85 000 € (tolérance jusqu'à 93 500 €).
Faut-il tenir un stock comptable en micro-entreprise ?
Non, pas de bilan en micro. Il faut en revanche un registre des achats et un livre des recettes. Au réel, le stock se valorise à la clôture et figure au bilan.
La facture électronique concerne-t-elle les ventes aux particuliers ?
Pas sous forme de facture : les ventes aux particuliers relèvent de l'e-reporting, c'est-à-dire de la transmission de données à l'administration. Pour les PME et les micro-entreprises, l'émission de factures électroniques et l'e-reporting deviennent obligatoires au 1er septembre 2027 ; l'obligation de pouvoir recevoir des factures électroniques s'applique déjà depuis le 1er septembre 2026.
Comment nous notons
La note Pepit /5 est une note éditoriale fondée sur 5 critères pondérés selon le métier : statuts couverts, automatisations propres au métier, gestion fiscale, prix sur 12 mois et accompagnement. Elle reflète l'adéquation à votre situation, pas la qualité générale d'un éditeur : un outil moins bien noté ici peut être excellent pour un autre profil. Les tarifs sont relevés sur les sites des éditeurs et mis à jour chaque trimestre ; les avis Google et Trustpilot sont affichés tels quels, avec leur date de relevé.
Sources : impots.gouv.fr (micro-entreprise, guichet unique OSS), economie.gouv.fr (facture électronique), INSEE (Sirene), URSSAF, sites éditeurs.
Le logiciel comptable pour d'autres métiers
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