Expert-comptable pour start-up

JEI, CIR, CII, BSPCE, TVA, premiers salariés : un expert-comptable qui connaît l'amorçage et la croissance d'une jeune SAS innovante, sans engagement.

  • Vos dépenses de R&D suivies dès le premier mois, prêtes pour le JEI et le CIR
  • Burn rate, mois de trésorerie et crédit de TVA lus dans un tableau de bord clair
  • Bilan, liasse et TVA déposés à temps, premiers salariés payés sans stress

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En bref

Faut-il un expert-comptable quand on lance une start-up ?

Ce n'est pas obligatoire, mais c'est vite rentable pour une SAS innovante : bilan et liasse sont dus dès le premier exercice, et les aides se jouent sur les comptes. Statut JEI sous 8 ans, CIR à 30 %, CII à 20 % : un expert-comptable fiabilise vos dépenses de R&D et vos déclarations, dès 69 € HT par mois, honoraires déductibles.

Par L'équipe Start-up Pepit · mis à jour le 03/11/2026
Votre métier, nos réflexes

Les 6 points comptables qu'un fondateur de start-up ne doit pas rater

Le statut JEI, à choisir à temps

Moins de 8 ans, 20 % des charges en R&D : les cotisations patronales d'assurances sociales et d'allocations familiales sont exonérées, dans la limite de 240 300 € par an et par établissement en 2026. Aucune option à prendre : seule une demande d'avis à l'administration est possible.

CIR à 30 %, CII à 20 %

Le CIR couvre 30 % des dépenses de recherche, le CII 20 % des dépenses de prototype, plafonnées à 400 000 € par an. Les subventions reçues se déduisent de la base : un point que le dossier doit montrer.

BSPCE et pacte d'associés

Les BSPCE visent vos premiers salariés et dirigeants, dans une société par actions soumise à l'IS. Le pacte d'associés se rédige avec un juriste ; la comptabilité en mesure l'effet sur le capital.

Burn rate et mois de trésorerie

Dépenses mensuelles nettes, trésorerie restante, point mort : trois chiffres à lire chaque mois, avant qu'un associé ou une banque ne pose la question.

Crédit de TVA et remboursement

Vous achetez des outils et des prestations avant de vendre : la TVA déductible dépasse alors la TVA collectée. Ce crédit se rembourse sur demande, un délai à prévoir dans votre plan de trésorerie.

La facturation électronique

Réception obligatoire depuis septembre 2026, émission pour les TPE et PME le 1er septembre 2027, y compris vos factures SaaS ou de prestation aux clients professionnels.

Expert-comptable innovation : JEI, CIR et CII, comment s'y retrouver ?

Le JEI, le CIR et le CII ne se cumulent pas au hasard. Le JEI allège les cotisations patronales de vos salariés affectés à la R&D, comme les chercheurs, ingénieurs et techniciens. Le CIR rembourse 30 % de vos dépenses de recherche, le CII 20 % de celles de conception de prototype. Un JEI peut aussi bénéficier du CIR et du CII.

Un expert-comptable innovation fait trois choses : il isole vos dépenses de R&D dans la comptabilité (salaires, temps passé, prestataires), il vérifie que le seuil de 20 % de charges est tenu pour le JEI, et il chiffre le crédit d'impôt avant que vous ne le comptiez dans votre trésorerie. Sans ce suivi, le dossier se reconstitue à la dernière minute.

En cas de doute sur l'éligibilité d'un projet, le rescrit permet de demander une prise de position écrite à l'administration, qui dispose de trois mois pour répondre : son silence vaut accord. Un conseiller vous indique ce que votre formule couvre, et ce qui relève d'un cabinet spécialisé du crédit d'impôt.

Les missions

Ce que fait un expert-comptable pour une start-up

Seul fondateur ou équipe de trois associés : votre expert-comptable s'occupe de la comptabilité et des déclarations, vous gardez le produit.

  • Banque et justificatifs rapprochésAbonnements SaaS, hébergement, freelances, notes de frais : classés chaque mois.
  • Déclarations de TVACrédit de TVA suivi et remboursement demandé quand il se justifie.
  • Bilan et liasse fiscaleCompte de résultat, annexe, déclaration de résultat de la SAS.
  • Dépenses de R&D isoléesSalaires, temps passé et prestataires repérables pour le JEI, le CIR et le CII.
  • CFE, IS et acomptesÉchéances suivies et télétransmises, sans relance des impôts.
  • Facturation électroniqueRéception depuis septembre 2026, émission prête pour 2027.
  • Rémunération du présidentSalaire, dividendes ou rien au départ : chaque option chiffrée selon votre trésorerie.
  • Premiers salariésContrats, bulletins et DSN : un conseiller vous propose une solution sur devis.
  • Comptes courants d'associésApports, avances, remboursements : suivis et justifiés dans les comptes.
  • BSPCE et intéressementL'effet sur le capital et sur les charges sociales, expliqué avant l'émission.
  • Statut JEIConditions vérifiées : âge, capital, part de R&D, demande d'avis si besoin.
  • CIR et CIIDépenses éligibles listées, subventions déduites, crédit d'impôt estimé.
  • Prêts d'honneur et subventionsLes montants reçus enregistrés correctement, y compris côté Bpifrance.
  • Création de la sociétéStatuts, immatriculation, compte pro : création offerte chez L-Expert-Comptable.com.
  • Burn rate du moisCe que vous dépensez net chaque mois, et ce qui change quand vous embauchez.
  • Mois de trésorerie restantsVotre horizon recalculé à chaque clôture mensuelle.
  • Prévisionnel à jourHypothèses de ventes et de recrutement revues avec votre comptable.
  • Échéances à venirTVA, IS, CFE et paie visibles à l'avance.
Tarifs transparents

Combien coûte un expert-comptable pour start-up en 2026 ?

Prix publics HT relevés le 03/11/2026, sans engagement. Répondez à 4 questions : la formule adaptée s'affiche, avec son coût réel une fois déduit.

Le stade de votre start-up
Vos salariés
Vous visez le JEI, le CIR ou le CII ?
Votre situation comptable
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0 € /mois

Options dès 9,99 € HT/mois

  • Factures et devis illimités, conformes
  • Suivi des dépenses du projet
  • Banque synchronisée (options)
  • Bilan et TVA non inclus

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Adaptée à votre situation SAS ou SASU, sans paie

Expert-comptable en ligne

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dès 69 € HT/mois

Création de société offerte

  • Comptable dédié, réponse sous 24 h
  • Bilan, liasse fiscale, TVA et crédit de TVA
  • Dépenses de R&D repérables pour JEI et CIR
  • Conseil rémunération du président
  • Paie non incluse

Google 4,8 (1 410 avis) · Trustpilot 4,6 (552)

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Adaptée à votre situation SAS avec 1 à 10 salariés

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Jusqu'à 10 salariés

  • Comptabilité, bilan et TVA
  • Paie, bulletins et DSN de vos premiers salariés
  • Conseiller en visio ou en agence
  • Agences dans plus de 20 villes

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Économie d'impôt− 124 €
Coût réel≈ 704 €

Mise en place en une semaine : connexion bancaire, reprise de vos abonnements et justificatifs.

Pourquoi les fondateurs de start-up choisissent L-Expert-Comptable.com ?

  1. Un comptable dédié, habitué aux SAS innovantesDépenses de R&D classées pour le JEI, le CIR et le CII.
  2. Un prix fixe, sans engagementDès 69 € HT/mois, bilan, liasse et TVA inclus.
  3. Création de société offerteStatuts et immatriculation de votre SAS ou SASU.
  4. 4,8/5 sur Google1 410 avis vérifiés.
★★★★★
« J’ai choisi L-Expert Comptable pour la prestation d’ouverture de ma société de transport, et je suis ravi de leur avoir confié cette mission grâce à leur réactivité, leurs conseils et leur transparence. Je les remercie »
Nadir A. · société de transportAvis Google · décembre 2025

Outil de gestion facturé à part après 6 mois offerts avec L-Expert-Comptable.com. Économie d'impôt estimée au taux réduit de 15 % de l'impôt sur les sociétés (jusqu'à 42 500 € de bénéfice, sous conditions de détention du capital).

Avis clients

Expert-comptable start-up : les avis de nos clients

Fondateurs, jeunes sociétés, dirigeants qui démarrent : voici ce que disent de leur expert-comptable les entrepreneurs accompagnés par Pepit.

★★★★★
« Disponibilité, écoute, vulgarisation au top pour la non initiée que je suis en comptabilité. Un service que je recommande fortement pour les personnes ayant des projets perso ou pro. »
Elsa · client PepitAvis Trustpilot · octobre 2025
★★★★★
« Un grand merci à Damien PHILBERT qui m’a accompagné à mes débuts chez PEPIT. J’ai eu tous les conseils et explications dont j’avais besoin. Ils sont vraiment réactif et donc ça permet d’avancer assez vite et bien sûr les différents sujets, je recommande. »
Clément · client PepitAvis Trustpilot · novembre 2025
★★★★★
« Julie Grob est une comptable exceptionnelle : toujours disponible, réactive, et capable de mettre à jour les prévisionnels très rapidement. Elle m’apporte un vrai soutien dans la gestion financière de mon activité. Un grand merci pour son sérieux et sa rigueur ! »
Taqiyeddine · client PepitAvis Trustpilot · juillet 2025
Comment ça se passe

Comment se passe l'accompagnement d'un expert-comptable pour start-up ?

Le bilan n'est qu'une étape. On suit vos dépenses, vos aides et les décisions qui conditionnent votre trésorerie, du premier euro au premier salarié.

  1. En 15 minutes, par téléphone ou en visio : votre stade, votre équipe, votre projet innovant et les aides visées. Il vous propose la formule adaptée et son prix, sans engagement.

  2. Connexion du compte pro, import des abonnements et des factures fournisseurs. Si vous aviez un comptable, on récupère votre dossier auprès de lui.

  3. Outils, hébergement, freelances, salaires : tout est rangé par nature, avec les dépenses de R&D repérables. Vous voyez ce que vous brûlez et combien de mois il vous reste.

  4. TVA et demande de remboursement du crédit de TVA, CFE, impôt sur les sociétés, liasse fiscale. Pour le JEI, une demande d'avis éventuelle part avant le dépôt de la liasse.

  5. Premier salarié, rémunération du président, BSPCE, prêt d'honneur ou subvention : chaque option est simulée avant que vous signiez.

Expert-comptable start-up : une fondatrice de jeune société innovante suit sa trésorerie sur son ordinateur, un prototype posé sur le bureau
Illustration

Fondateur de start-up : votre comptabilité mérite un expert qui connaît l'innovation.Premier échange gratuit, sans engagement.

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Faire le bon choix

Tableur, logiciel ou expert-comptable : quelle solution pour la comptabilité de votre start-up ?

Chaque option a son fondateur. Tout dépend de votre stade, de votre temps libre et de votre goût pour les onglets Excel qui se multiplient.

CritèreTout faire sur un tableurUn logiciel seulUn expert-comptable en ligneUn cabinet de proximité
Pour quiProjet sans société, et amour des tableaux croisés dynamiquesFondateur seul avant la création, qui garde la mainSAS en amorçage, à distanceÉquipe qui veut un rendez-vous en face
Budget0 €, payés en nuits blanches0 à 30 € HT/moisForfait mensuel, dès 69 € HTSelon la lettre de mission
Temps par mois5 à 8 h, plus la veille de la réunion avec les associés1 à 2 h30 min pour envoyer vos justificatifs30 min, plus les rendez-vous
Dépenses de R&D pour JEI et CIRUn onglet « R&D » mis à jour à la mémoireÀ étiqueter vous-mêmeRepérées par votre comptableRepérées par votre comptable
TVA et crédit de TVAÀ vous de connaître la règle du remboursementCalcul aidé, à vous de déclarerDéclarés pour vousDéclarés pour vous
Bilan et liasse (SAS)NonPréparés, sans validation d'un expertInclusInclus
Conseil statut, rémunération, BSPCEL'associé qui a lu un thread sur le sujetNonOui, au téléphone ou en visioOui, au cabinet
Le moment de solitudeLe fichier « budget_v14_final2 » qui ne se rouvre plusLa question que l'aide en ligne n'a pas prévueRare : un interlocuteur répond sous 24 hRare : un interlocuteur que vous connaissez

Fourchettes de prix et de temps indicatives, relevées en novembre 2026. Aucune marque citée.

Près de chez vous

Vous préférez un expert-comptable pour start-up près de chez vous ?

Entrez votre adresse pour voir les cabinets d'expertise comptable de votre quartier. Vous pouvez aussi être accompagné à distance par un conseiller qui connaît les start-up.

Entrez votre adresse pour voir les cabinets les plus proches.

    Cabinets : base Sirene (API Recherche d'entreprises), code NAF 69.20Z, moins de 20 salariés, hors grands groupes.

    Les questions fréquentes sur la comptabilité des start-up

    Combien coûte un expert-comptable pour une start-up ?

    En ligne, comptez à partir de 69 € HT par mois pour une SAS sans salarié, bilan, liasse et TVA inclus. La paie des premiers salariés s'ajoute, sur devis. Les honoraires sont déductibles du résultat, et un conseiller vous remet un prix écrit sous 24 heures.

    Un expert-comptable est-il obligatoire pour une start-up ?

    Non, aucune loi ne l'impose. En revanche, une SAS doit établir un bilan, un compte de résultat et une annexe dès le premier exercice, et déposer sa liasse fiscale. Rares sont les fondateurs qui le font seuls : l'erreur coûte cher en pénalités et en crédibilité.

    Qu'est-ce que le statut de jeune entreprise innovante (JEI) ?

    C'est un statut pour les PME indépendantes de moins de 8 ans (11 ans si créées avant 2023) dont les dépenses de R&D atteignent 20 % des charges. Il exonère de cotisations patronales d'assurances sociales et d'allocations familiales les salariés affectés à la R&D, jusqu'à 240 300 € par an et par établissement en 2026.

    Quel est le taux du crédit d'impôt recherche en 2026 ?

    Le CIR atteint 30 % des dépenses de recherche en métropole, jusqu'à 100 millions d'euros de dépenses, puis 5 % au-delà. Les subventions publiques reçues pour le projet viennent en déduction de la base. Une JEI peut aussi en bénéficier.

    Quel est le taux du crédit d'impôt innovation (CII) ?

    Le CII est de 20 % des dépenses éligibles en métropole. Les dépenses sont plafonnées à 400 000 € par an, soit un crédit maximal de 80 000 €. Il vise la conception de prototypes de produits nouveaux par les PME, pour les dépenses engagées jusqu'au 31 décembre 2027.

    Peut-on cumuler JEI, CIR et CII ?

    Oui : un JEI peut bénéficier du CIR et du CII, remboursés directement si besoin. Le CIR et le CII ne peuvent pas porter sur la même dépense : chaque euro n'est compté qu'une fois. Un expert-comptable répartit vos dépenses entre les dispositifs pour éviter tout doublon lors d'un contrôle.

    Qu'est-ce qu'un BSPCE et qui peut en recevoir ?

    Un bon de souscription de parts de créateur d'entreprise permet à un salarié ou à un dirigeant soumis au régime des salariés d'acheter des actions à un prix fixé d'avance. Seules les sociétés par actions soumises à l'IS, immatriculées depuis moins de 15 ans, peuvent en émettre. Un juriste rédige la documentation.

    Comment enregistrer un prêt d'honneur ou une subvention ?

    Un prêt d'honneur est accordé au fondateur, pas à la société : il l'apporte ensuite en capital ou en compte courant d'associé. Une subvention de Bpifrance ou d'une région entre en produit dans les comptes de la société, selon son échéancier, et vient réduire la base du CIR.

    Comment fonctionne le compte courant d'associé ?

    Quand vous avancez de l'argent à la société, la somme est inscrite en compte courant d'associé et reste remboursable, sans impôt à la restitution. Sa rémunération en intérêts est encadrée. Le suivi en comptabilité évite qu'un solde mal justifié ne soit requalifié lors d'un contrôle.

    Comment suivre son burn rate et sa trésorerie ?

    Le burn rate est la somme dépensée en net chaque mois, après encaissements. Divisez votre trésorerie par ce montant : vous obtenez vos mois de visibilité. Un tableau de bord mensuel alimenté par la comptabilité vous donne ces deux chiffres sans refaire le calcul.

    Quand une start-up peut-elle se faire rembourser un crédit de TVA ?

    Quand la TVA déductible sur vos achats dépasse la TVA collectée, la différence est un crédit de TVA, reportable ou remboursable sur demande déposée avec la déclaration. C'est fréquent avant les premières ventes, et le délai de remboursement doit figurer dans votre plan de trésorerie.

    Comment se rémunérer comme président de SAS ?

    Le président peut ne rien se verser au démarrage, percevoir un salaire ou, plus tard, des dividendes. S'il est assimilé salarié, il cotise au régime général, sans chômage. Un expert-comptable compare les options sur votre trésorerie réelle avant la première décision.

    Votre devis d'expert-comptable pour start-up en 24 h

    Un conseiller vous rappelle, fait le point sur votre situation et vous propose la formule adaptée. Votre expert-comptable prend ensuite le relais.

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    • Reprise de votre dossier en une semaine
    Fondateur de start-up au téléphone dans un espace de travail partagé, rappelé pour son devis d'expert-comptable start-up

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