Logiciel comptabilité profession libérale : lequel choisir selon votre régime ?

Quel logiciel comptable pour une profession libérale ?

« Profession libérale » recouvre des activités très différentes : conseil, ingénierie, architecture, santé, droit, enseignement. Leur point commun est fiscal : les revenus sont des honoraires, imposés en BNC. Les différences viennent de la TVA, de la caisse de retraite et de la forme juridique, et ce sont elles qui déterminent le bon logiciel.

Les fiches détaillées

Les fonctionnalités d'un logiciel comptable pour profession libérale

Selon que vous êtes en micro-BNC, à la déclaration contrôlée ou en société d'exercice, les besoins changent. Voici les fonctionnalités à vérifier, et celles qui deviennent indispensables avec la taille de l'activité.

Micro-BNC ou déclaration contrôlée

En micro-BNC, un abattement forfaitaire remplace les charges réelles et la comptabilité se limite aux recettes encaissées. En déclaration contrôlée, vous tenez un livre de recettes et de dépenses et vous déclarez vos frais réels. Le logiciel doit couvrir le régime où vous êtes, et vous laisser passer de l'un à l'autre sans perdre l'historique.

Déclaration 2035 et annexes

La 2035 déclare le résultat de l'activité en nom propre : recettes, dépenses, plus-values et ventilation par nature. Elle est accompagnée d'annexes. Selon l'offre, le logiciel la génère et la télétransmet, vous aide à la remplir ou la laisse à un expert. Vérifiez ce point avant tout autre.

Frais réels et justificatifs

Loyer du cabinet, matériel, assurance professionnelle, formation, déplacements : chaque dépense déductible doit être classée et justifiée. Un logiciel qui capture les justificatifs depuis le téléphone et les rattache aux lignes de banque réduit le travail de fin d'année et les risques lors d'un contrôle.

TVA : exonérations et assujettissement

Les soins dispensés par les professions médicales et paramédicales réglementées (ainsi que par les psychologues, psychothérapeutes et ostéopathes autorisés à faire usage du titre) sont exonérés de TVA (art. 261-4-1° du CGI). Sont aussi exonérés, sous conditions, la formation professionnelle continue assurée par un organisme titulaire d'une attestation de l'administration et les cours particuliers donnés par une personne physique rémunérée directement par ses élèves (art. 261-4-4° du CGI). Conseil, ingénierie, architecture ou activités juridiques sont en revanche en principe assujettis, avec une franchise en base possible tant que les recettes restent sous 37 500 € (seuil majoré de 41 250 €). Le logiciel doit gérer l'un ou l'autre, et les deux si votre activité est mixte.

Caisses de retraite et cotisations

L'URSSAF recouvre les cotisations maladie, allocations familiales et CSG-CRDS ; la retraite dépend de votre profession. Les professions réglementées relèvent d'une caisse de la CNAVPL (CARMF pour les médecins, CARPIMKO pour les auxiliaires médicaux, CAVEC pour les experts-comptables…), les avocats de la CNBF. La CIPAV ne couvre plus qu'une liste de professions (architecte, ingénieur-conseil, psychologue, ostéopathe, diététicien…) ; les autres libéraux, comme les consultants ou les formateurs, relèvent de la sécurité sociale des indépendants. Les cotisations obligatoires sont déductibles en déclaration contrôlée, à l'exception d'une partie de la CSG et de la CRDS. Le logiciel doit les catégoriser par organisme.

Rapprochement bancaire des honoraires

Chèques, virements, paiements en ligne, honoraires encaissés par une structure commune : chaque entrée doit correspondre à une facture. En BNC, la comptabilité de trésorerie retient la date d'encaissement. Le logiciel doit donc suivre le règlement de chaque note d'honoraires, pas seulement son émission.

Société d'exercice (SEL, EURL, SASU)

Exercer en société change de comptabilité : engagement, bilan, liasse fiscale, rémunération du dirigeant, comptes courants d'associés, dividendes. Les professions réglementées passent par une SEL ou une autre forme admise par leurs règles professionnelles ; les autres choisissent librement, le plus souvent une SASU ou une EURL. Le logiciel, ou l'expert qui l'utilise, doit couvrir ces écritures.

Fin de l'agrément des AGA

La loi de finances pour 2025 a supprimé l'agrément des organismes de gestion agréés, dont les associations agréées des professions libérales, ainsi que la réduction d'impôt pour frais de comptabilité et d'adhésion. Adhérer n'apporte donc plus d'avantage fiscal. Certaines associations continuent de proposer un examen de cohérence de la 2035 à titre de service : ce n'est plus une obligation ni un critère de choix du logiciel.

Micro-BNC, déclaration contrôlée, société : ce que ça change pour le logiciel

Le micro-BNC applique un abattement forfaitaire de 34 % aux recettes encaissées, avec un minimum de 305 € : vos dépenses réelles ne comptent pas. C'est simple et sans comptabilité détaillée, mais cela ne convient que si vos charges restent inférieures à cet abattement. Si vos recettes dépassent 83 600 € (plafond 2026 à 2028) deux années civiles de suite, ou sur option, vous passez à la déclaration contrôlée : recettes et dépenses réelles, déclarées sur la 2035.

L'enjeu porte sur vos charges. Un libéral avec loyer de cabinet, collaborateur ou matériel coûteux déduit plus en frais réels qu'avec l'abattement. À l'inverse, un consultant qui travaille depuis chez lui avec peu de frais a souvent intérêt à rester en micro-BNC. Seule une simulation sur vos chiffres tranche, et c'est un bon sujet pour un échange avec un expert-comptable.

Le passage en société (SEL ou autre forme prévue par les règles de la profession pour les professions réglementées, EURL ou SASU pour les autres) ajoute un bilan, une liasse fiscale et une rémunération du dirigeant à organiser. Il s'envisage quand les revenus dépassent vos besoins personnels, quand vous vous associez, ou pour protéger votre patrimoine. Sur les douze derniers mois à septembre 2026, 32 % des créations d'entreprises de ce secteur étaient des sociétés, contre 64 % d'entreprises individuelles (INSEE, Sirene).

3 libéraux, 3 choix différents

Des profils types, avec des montants annuels estimés.

Combien coûte un logiciel comptable pour une profession libérale ?

Les prix vont de zéro à une centaine d'euros par mois, pour des services différents. Trois familles se distinguent.

• Gratuit : des outils de facturation et de suivi bancaire, suffisants en micro-BNC sans TVA. La 2035 et le bilan restent à faire établir à part.
• Quelques dizaines d'euros par mois : un logiciel BNC qui génère la 2035, ou un cabinet en ligne d'entrée de gamme. Vérifiez ce que contient l'offre : TVA, bilan, assistance.
• Plus élevé : un cabinet en ligne avec comptable dédié. Le tarif augmente avec la complexité de l'activité, notamment avec la TVA et le nombre d'associés.

Pour comparer, raisonnez sur douze mois et sur le service complet : ce qui n'est pas inclus (2035, bilan, TVA) devient un coût à part. Le simulateur calcule ce coût annuel pour votre situation.

Logiciel comptable seul ou expert-comptable en ligne ?

Pour un libéral, la question est autant celle du régime fiscal que celle de l'outil.

Les 6 critères pour bien choisir

1. Le régime couvert. Micro-BNC, déclaration contrôlée, société : votre outil doit suivre votre passage de l'un à l'autre.
2. La 2035 ou le bilan. Incluse, en option ou à faire ailleurs : c'est le premier point à vérifier.
3. La TVA. Exonération, franchise ou assujettissement : le logiciel doit gérer votre cas, sans surcoût caché.
4. Les caisses et cotisations. Catégories distinctes pour l'URSSAF et votre caisse de retraite.
5. Le prix sur 12 mois. Regardez le prix hors promotion et les options (2035, bilan, TVA).
6. L'accompagnement. Un humain joignable au moment de choisir le régime ou la société d'exercice.

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